EMPIAR-11441 - FMC63 scFv in complex with soluble CD19 [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-11441

FMC63 scFv in complex with soluble CD19 [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

CD19 CAR antigen engagement mechanisms and affinity tuning

He C, Mansilla-Soto J, Khanra N, Hamieh M, Bustos V, Paquette AJ, Garcia Angus A, Shore DM, Rice WJ, Khelashvili G, Sadelain M, Meyerson JR

Science immunology 8 (2023)

PMID: 36867678

DOI: 10.1126/sciimmunol.adf1426

Related EMDB entry:

EMD-26719

Deposited:

2023-01-16

Released:

2023-03-17

Last modified:

2023-03-17

Imageset size:

1.45 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11441

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. FMC63-CD19 dataset1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

489

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.548, 0.548)

Details:

Arctica operated at 200 kV with a GatanK3 imaging system collected at 36,000X nominal magnification. The calibrated pixel size of 0.5480 Å was used for processing.
Movies were collected using Leginon (Suloway et al., 2005) at a dose rate of 21.17 e-/Å2/s with a total exposure of 2.40 seconds, for an accumulated dose of 50.82 e-/Å2. Intermediate frames were recorded every 0.05 seconds for a total of 48 frames per micrograph.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. FMC63-CD19 dataset2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1910

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.548, 0.548)

Details:

Arctica operated at 200 kV with a GatanK3 imaging system collected at 36,000X nominal magnification. The calibrated pixel size of 0.5480 Å was used for processing.
Movies were collected using Leginon (Suloway et al., 2005) at a dose rate of 21.00 e-/Å2/s with a total exposure of 2.40 seconds, for an accumulated dose of 50.40 e-/Å2. Intermediate frames were recorded every 0.05 seconds for a total of 48 frames per micrograph.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-20]

224件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-11-20付）

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します