EMPIAR-11198 - In situ cryo-electron tomography of E. amylovora cells infected by the jumbo bacteriophage RAY [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-11198

In situ cryo-electron tomography of E. amylovora cells infected by the jumbo bacteriophage RAY [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

Identifying the core genome of the nucleus-forming bacteriophage family and characterization of Erwinia phage RAY

Prichard A, Lee J, Laughlin TG, Lee A, Thomas KP, Sy AE, Spencer T, Asavavimol A, Cafferata A, Cameron M, Chiu N, Davydov D, Desai I, Diaz G, Guereca M, Hearst K, Huang L, Jacobs E, Johnson A, Kahn S, Koch R, Martinez A, Norquist M, Pau T, Prasad G, Saam K, Sandhu M, Sarabia AJ, Schumaker S, Sonin A, Uyeno A, Zhao A, Corbett KD, Pogliano K, Meyer J, Grose JH, Villa E, Dutton R, Pogliano J

Cell reports 42 (2023)

PMID: 37120812

DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112432

Related EMDB entry:

EMD-27993 EMD-27973 EMD-28009 EMD-28006 EMD-28005 EMD-28007 EMD-28010 EMD-28008 EMD-28003 EMD-28004

Deposited:

2022-09-01

Released:

2023-10-03

Last modified:

2023-10-03

Imageset size:

244.34 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11198

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series

Image Sets

1. Unaligned tilt-movie frames as non-normalized LZW-TIFF

Category:

tilt series

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

950

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(4.265, 4.265)

Details:

Gain reference supplied in data/frames as MRC and requires a 270 CW rotation prior to application to TIFs. Fluence per tilt-movie is 2.19 electrons per square Angstrom. SerialEM metadata for 17 tilt-series is in data/frames/mdocs, Warp/M metadata in data/frames/

Files:

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2. Unaligned tilt-movie frames as non-normalized LZW-TIFF

Category:

tilt series

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

872

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(4.265, 4.265)

Details:

Gain reference supplied in data/frames as MRC and requires a 270 CW rotation prior to application to TIFs. Fluence per tilt-movie is 2.62 electrons per square Angstrom. SerialEM metadata for 15 tilt-series is in data/frames/mdocs, Warp/M metadata in data/frames/

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

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Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

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