EMPIAR-11139 - Cryo-EM structure of the human GS-GN complex in the inhibited state [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-11139

Cryo-EM structure of the human GS-GN complex in the inhibited state [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

Mechanism of glycogen synthase inactivation and interaction with glycogenin

Marr L, Biswas D, Daly LA, Browning C, Vial SCM, Maskell DP, Hudson C, Bertrand JA, Pollard J, Ranson NA, Khatter H, Eyers CE, Sakamoto K, Zeqiraj E

Nature communications 13 (2022)

PMID: 35690592

DOI: 10.1038/s41467-022-31109-6

Related EMDB entry:

EMD-14587

Deposited:

2022-03-23

Released:

2022-08-16

Last modified:

2022-08-18

Imageset size:

9.24 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11139

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned multiframe movies in the EER format of the human glycogen synthase-glycogenin complex

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

20841

Image size:

(None, None)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.71, 0.71)

Details:

A dose per physical pixel/s of 4.71 was used resulting in a total dose of 34.8 e/Å2, fractionated across 128 EPU frames. This was then grouped into 21 frames, resulting in a dose per frame of 0.8 e/Å2. Micrograph file pattern: data/Images-Disc1/GridSquare_*/Data/*.eer

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Aligned micrographs of the human glycogen synthase-glycogenin complex

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

20841

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.71, 0.71)

Details:

Raw movie frames are aligned with RELION's own implementation of the MotionCor2 algorithm using an EER fractionation of 21. Micrograph file pattern: data/job008/Raw_data/*.mrc

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-20]

224件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-11-20付）

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します