EMPIAR-11128 - Cryo-EM of ADP-F-actin [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

EMPIAR-11128

Cryo-EM of ADP-F-actin [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

Publication:

Bending forces and nucleotide state jointly regulate F-actin structure

Reynolds MJ, Hachicho C, Carl AG, Gong R, Alushin GM

Nature 611 (2022) 380-386

PMID: 36289330

DOI: 10.1038/s41586-022-05366-w

Related EMDB entry:

EMD-27116 EMD-27118 EMD-27119 EMD-27114

Deposited:

2022-07-25

Released:

2022-09-13

Last modified:

2022-11-11

Imageset size:

938.50 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11128

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of ADP-F-actin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1548

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.515, 0.515)

Details:

This directory also contains motion-correction that was done on-the-fly. Re-running motion-correction locally is recommended.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Polished single-frame particles of bent ADP-F-actin segments

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

10753

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.03, 1.03)

Details:

This stack of particles was generated from the final Refine3D of the asymmetric, bent ADP-F-actin at EMD-27116 and PDB: 8D15 using the relion_stack_create command.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Polished single-frame particles of straight ADP-F-actin segments, Subset 1

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

7833

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.03, 1.03)

Details:

This stack of particles was generated from the final Refine3D of the asymmetric, straight ADP-F-actin at EMD-27118 and PDB: 8D17 using the relion_stack_create command.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Polished single-frame particles of straight ADP-F-actin segments, Subset 2

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

7833

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.03, 1.03)

Details:

This stack of particles was generated from the final Refine3D of the asymmetric, straight ADP-F-actin at EMD-27119 and PDB: 8D18 using the relion_stack_create command.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Polished single-frame particles of helical ADP-F-actin segments, for high-resolution

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

219569

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.03, 1.03)

Details:

This set of particles was used for the final Refine3D of the helically-symmetric ADP-F-actin at EMD-27114 and PDB: 8D13
The run_data.star file corresponds to the final Refine3D that was run using the polished particle stacks in the Polish directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）