EMPIAR-11055 - Crosshair, semi-automated targeting for electron microscopy with a motorised ultramicrotome [multiple data sets in TIFF and PNG formats]

EMPIAR-11055

Crosshair, semi-automated targeting for electron microscopy with a motorised ultramicrotome [multiple data sets in TIFF and PNG formats]

Publication:

Crosshair, semi-automated targeting for electron microscopy with a motorised ultramicrotome

Meechan K, Guan W, Riedinger A, Stankova V, Yoshimura A, Pipitone R, Milberger A, Schaar H, Romero-Brey I, Templin R, Peddie C J, Schieber N L, Jones M L, Collinson L, Schwab Y

BioRxiv (2022)

Related EMDB entry:

Deposited:

2022-05-09

Released:

2022-06-01

Last modified:

2022-06-01

Imageset size:

150.97 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11055

Experimental metadata:

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Contains:

reconstructed volumes

Image Sets

1. sample_a_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1000, 660)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample a before targeting (ready for crosshair)

Files:

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2. sample_a_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(738, 870)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample a after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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3. Raw sample a micro-CT - before reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

939

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample a micro-CT (before reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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4. Raw sample a micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

479

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample a micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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5. Raw sample a micro-CT - before reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample a micro-CT (before reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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6. Raw sample a micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

465

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample a micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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7. sample_b_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1046, 688)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample b before targeting (ready for crosshair)

Files:

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8. sample_b_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1224, 774)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample b after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

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9. Raw sample b micro-CT - before reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample b micro-CT (before reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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10. Raw sample b micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

441

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample b micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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11. Raw sample b micro-CT - before reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample b micro-CT (before reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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12. Raw sample b micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

559

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample b micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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13. sample_c_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(838, 568)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample c before targeting (ready for crosshair)

Files:

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14. sample_c_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(663, 867)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample c after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

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15. Raw sample c micro-CT - before reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample c micro-CT (before reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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16. Raw sample c micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

462

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample c micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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17. Raw sample c micro-CT - before reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample c micro-CT (before reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

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18. Raw sample c micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

430

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample c micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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19. sample_d_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(894, 576)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample d before targeting (ready for crosshair)

Files:

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20. sample_d_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(939, 762)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample d after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

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21. Raw sample d micro-CT - before reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample d micro-CT (before reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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22. Raw sample d micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

519

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample d micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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23. Raw sample d micro-CT - before reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample d micro-CT (before reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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24. Raw sample d micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

459

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample d micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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25. sample_e_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(770, 706)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample e before targeting (ready for crosshair)

Files:

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26. sample_e_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(807, 846)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample e after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

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27. Raw sample e micro-CT - before reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

939

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample e micro-CT (before reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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28. Raw sample e micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

463

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample e micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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29. Raw sample e micro-CT - before reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1799

Image size:

(2016, 1344)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample e micro-CT (before reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

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30. Raw sample e micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

PNG

No. of images or tilt series:

443

Image size:

(2016, 2016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample e micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Bruker Skyscan 1272, along with log files of scan settings

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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31. sample_f_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(994, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample f before targeting (ready for crosshair)

Files:

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32. sample_f_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(993, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample f after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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33. Raw sample f micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(994, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample f micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

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34. Raw sample f micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(993, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample f micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

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35. sample_g_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample g before targeting (ready for crosshair)

Files:

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rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

36. sample_g_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1015, 987)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample g after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

37. Raw sample g micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample g micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

38. Raw sample g micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(987, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample g micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

39. sample_h_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample h before targeting (ready for crosshair)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

40. sample_h_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(991, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample h after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

41. Raw sample h micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample h micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

42. Raw sample h micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(991, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample h micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

43. sample_i_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample i before targeting (ready for crosshair)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

44. sample_i_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1015, 991)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample i after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

45. Raw sample i micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(992, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample i micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

46. Raw sample i micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(991, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample i micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

47. sample_j_before_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(993, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample j before targeting (ready for crosshair)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

48. sample_j_after_targeting.tif

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(1015, 986)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Micro-CT of sample j after targeting (ready for accuracy measures)

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

49. Raw sample j micro-CT - after reconstruction and before targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(993, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample j micro-CT (after reconstruction and before targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

50. Raw sample j micro-CT - after reconstruction and after targeting

Category:

reconstructed volumes

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(986, 1015)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw sample j micro-CT (after reconstruction and after targeting) from Versa 510 X-ray microscope (Zeiss). The corresponding before reconstruction file (.txrm) is available in the same directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

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A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

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CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

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Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-07-08]

260件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-08付）