EMPIAR-11043 - Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

EMPIAR-11043

Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

Publication:

Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex

Vallese F, Kim K, Yen LY, Johnston JD, Noble AJ, Calì T, Clarke OB

Nature structural & molecular biology 29 (2022) 706-718

PMID: 35835865

DOI: 10.1038/s41594-022-00792-w

Related EMDB entry:

EMD-26943

Deposited:

2022-02-08

Released:

2022-08-08

Last modified:

2022-09-09

Imageset size:

5.24 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11043

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame movies of ankyrin-1 complex

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

14926

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

The micrographs are of 50 raw movie frames accumulating 58.2 electrons per squared Angstrom in a 2.5 second exposure.
Particle positions are in .star files with X and Y coordinates in 3rd and 4th column respectively.

consensus_particles_stack.mrcs contains the particle images of the ankyrin-1 complex consensus particle set.

Band3_GPA_particles.star contains the particle coordinates and CTF parameters of the band3-GPA partcle set.

Files:

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rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Aligned micrographs of ankyrin-1 complex

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

14926

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

The raw movie frames are aligned with patch motion correction in cryoSPARC. (50 frames, total dose: 58.2e-/A2, Cs=2.7)
Particle positions are in .star files with X and Y coordinates in 3rd and 4th column respectively.
consensus_particles_stack.mrcs contains the particle images of the ankyrin-1 complex consensus particle set.
Band3_GPA_particles.star contains the particle coordinates and CTF parameters of the band3-GPA partcle set.

Files:

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Consensus particle stack for the ankyrin-1 complex

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

710437

Image size:

(450, 450)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

710437 particle image stack is saved as consensus_particles_stack.mrcs

Particle coordinates and CTF parameters are saved in consensus_particles_stack.star

Pixel size: 0.83 Å/pix
Box size: 450 pix

Files:

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

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