EMPIAR-10675 - The Myosin II Coiled Coil Domain Atomic Structure in its Native Environment [multiple data sets in MRC and MRCS formats]

EMPIAR-10675

The Myosin II Coiled Coil Domain Atomic Structure in its Native Environment [multiple data sets in MRC and MRCS formats]

Publication:

The myosin II coiled-coil domain atomic structure in its native environment

Rahmani H, Ma W, Hu Z, Daneshparvar N, Taylor DW, McCammon JA, Irving TC, Edwards RJ, Taylor KA

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (2021)

PMID: 33782130

DOI: 10.1073/pnas.2024151118

Related EMDB entry:

EMD-22975

Deposited:

2019-11-04

Released:

2021-07-29

Last modified:

2022-02-28

Imageset size:

13.30 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10675

Experimental metadata:

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Compressed by PDBj:

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MRC movies (Frames*/*/rawdata/*frames.mrc) in this entry were compressed by bzip2 (pbzip2)
by EMPIAR Japan to save space and bandwidth.

Some programs (e.g. RELION >= 4.0.1 and CryoSPARC) can process compressed movies without explicit
decompression. For other programs, movies have to be decompressed beforehand. In this case,
you might want to convert decompressed MRC movies into TIFF to save your local storage.

Original size:   16,376,925,619 bytes
Compressed size: 10,465,372,567 bytes

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Frame Stacks 1/3

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1432

Image size:

(8192, 8192)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

Particle positions are given in the final star file in the particle stack directory.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Frame Stacks 2/3

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

591

Image size:

(8192, 8192)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Frame Stacks 3/3

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1432

Image size:

(8192, 8192)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Micrographs before frames alignment

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3507

Image size:

(8192, 8192)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

Micrographs before frame alignment.
Gain References to be used for frame alignment are stored in
data/Micrographs/17dec15_ref_a

directory.

Files:

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選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Micrographs: frame-aligned and dose-weighted

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3507

Image size:

(8192, 8192)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

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6. Particle Stack

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

216045

Image size:

(768, 768)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.009, 1.009)

Details:

Particle stack produced using relion with .star and .mrcs files. The mrcs file has been split with the command:
split -b 10000000k 17dec15a-768-localctf.mrcs -d parts-

To combine it back execute:
cat parts-* > 17dec15a-768-localctf_combined.mrcs

Files:

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