EMPIAR-10594 - Human NLRP1-DPP9 complex [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-10594

Human NLRP1-DPP9 complex [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

DPP9 sequesters the C terminus of NLRP1 to repress inflammasome activation

Hollingsworth LR, Sharif H, Griswold AR, Fontana P, Mintseris J, Dagbay KB, Paulo JA, Gygi SP, Bachovchin DA, Wu H

Nature (2021)

PMID: 33731932

DOI: 10.1038/s41586-021-03350-4

Related EMDB entry:

EMD-22074

Deposited:

2020-06-17

Released:

2021-04-14

Last modified:

2021-04-14

Imageset size:

2.53 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10594

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned multi frame micographs of NLRP1-DPP9-Apo-noTILT dataset

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7836

Image size:

(None, None)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.825, 0.825)

Details:

Dataset of NLRP1-DPP9-apo complex with zero TILT data
The defocus range between −1 to −2.5 μm and to record two shots for each of the four
holes per stage movement through image shift. All movies were exposed with a total dose of 67.5
e-/Å2 for 1.8 s fractionated over 45 frames

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned multi frame micographs of NLRP1-DPP9-Apo-TILT dataset

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1924

Image size:

(None, None)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.825, 0.825)

Details:

37 degrees TILT data set of NLRP1-DPP9-apo complex.
The defocus range between −1.5 to −3.0 μm with two shots recorded for each hole per stage movement through image shift. All movies were exposed with a total dose of 67.6 e-/Å2 for 2.6 s fractionated over 45 frames.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

High-resolution ab initio reconstruction enables cryo-EM structure determination of small particles

Kim K, Li H, Clarke OB. (2025)

CLEM-Reg: an automated point cloud-based registration algorithm for volume correlative light and electron microscopy.

Krentzel D, Elphick M, Domart MC, Peddie CJ, Laine RF, Shand C, Henriques R, Collinson LM, Jones ML. (2025)

Self-supervised learning for generalizable particle picking in cryo-EM micrographs.

Zamanos A, Koromilas P, Bouritsas G, Kastritis PL, Panagakis Y. (2025)

Laser flash melting cryo-EM samples to overcome preferred orientation.

Straub MS, Harder OF, Mowry NJ, Barrass SV, Hruby J, Drabbels M, Lorenz UJ. (2025)

In situ structure determination of conformationally flexible targets using nextPYP.

Liu HF, Zhou Y, Huang Q, Martin J, Bartesaghi A. (2025)

CryoPROS: Correcting misalignment caused by preferred orientation using AI-generated auxiliary particles.

Zhang H, Zheng D, Wu Q, Yan N, Peng H, Hu Q, Peng Y, Yan Z, Shi Z, Bao C, Hu M. (2025)

Few-shot learning for non-vitrified ice segmentation.

Vivas-Lago A, Castaño-Díez D. (2025)

Automated removal of corrupted tilts in cryo-electron tomography.

Majtner T, Turoňová B. (2025)

Probabilistic single-particle cryo-EM ab initio 3D reconstruction in SIMPLE.

Van CTS, Reboul CF, Caesar JJE, Meana-Pañeda R, Lountos GT, Deme JC, Bryant OJ, Johnson S, Piczak CT, Valkov E, Lea SM, Elmlund H. (2025)

Reanalysis of cryo-EM data reveals ALK-cytokine assemblies with both 2:1 and 2:2 stoichiometries.

Felix J, De Munck S, Bazan JF, Savvides SN. (2025)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2025-09-24]

278件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2025-09-24付）

[2025-08-24]

第63回日本生物物理学会年会にてランチョンセミナーを開催します

[2025-08-10]

IIBMP2025にてランチョンセミナーを開催します

[2025-07-17]

[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットと拡張PDB IDへの移行について

[2025-06-25]

[wwPDB] EMDBアクセションコードを拡張する予定です

[2025-06-05]

第25回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します

[2025-04-22]

[wwPDB] PDBアーカイブのスナップショットは、HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロード頂けます

[2025-03-25]

PDBj Newsletter Vol.25公開のお知らせ

[2025-03-11]

[wwPDB] 生物物理学会年会にてポスター賞を授与しました

[2025-03-10]

[wwPDB] 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました。

See all news