EMPIAR-10461 - SBF SEM images of a Zebrafish hindbrain macrophage containing 2 Toxoplasma gondii tachizoites [multiple data sets in DM4 format]

EMPIAR-10461

SBF SEM images of a Zebrafish hindbrain macrophage containing 2 Toxoplasma gondii tachizoites [multiple data sets in DM4 format]

Publication:

The zebrafish as a novel model for the in vivo study of Toxoplasma gondii replication and interaction with macrophages

Yoshida N, Domart MC, Peddie CJ, Yakimovich A, Mazon-Moya MJ, Hawkins TA, Collinson L, Mercer J, Frickel EM, Mostowy S

Disease models & mechanisms 13 (2020)

PMID: 32461265

DOI: 10.1242/dmm.043091

Related EMDB entry:

Deposited:

2020-07-03

Released:

2021-01-22

Last modified:

2022-02-08

Imageset size:

16.49 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10461

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame

Image Sets

1. Survey SBF SEM image showing the position of the imaged ROIs at the start of the run

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

Image size:

(6000, 5000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(472.5, 472.5)

Details:

Survey image showing the position of the ROIs imaged (ROI00 and ROI01) if opened in Digital Micrograph

Files:

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2. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI00) of a Toxoplasma Gondii tachizoite in a Zebrafish hindbrain macrophage

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

133

Image size:

(6000, 5000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(332.1, 332.1)

Details:

Low magnification overview images (ROI00) linked to higher magnification images in ROI01. Imaged at 2kV, 2us dwell, high vacuum with focal charge compensation on at 50%

Files:

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3. High magnification raw SBF SEM images (ROI01) of a Toxoplasma Gondii tachizoite in a Zebrafish hindbrain macrophage

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

132

Image size:

(6000, 6000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(60.0, 60.0)

Details:

High magnification images (ROI01) linked to lower magnification images in ROI00. Imaged at 2kV, 2us dwell, high vacuum with focal charge compensation on at 50%

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Ito F, Alvarez-Cabrera AL, Liu S, Yang H, Shiriaeva A, Zhou ZH, Chen XS. (2023)

The 2023 Nucleic Acids Research Database Issue and the online molecular biology database collection.

Rigden DJ, Fernández XM. (2023)

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Iudin A, Korir PK, Somasundharam S, Weyand S, Cattavitello C, Fonseca N, Salih O, Kleywegt GJ, Patwardhan A. (2023)

CLEMSite, a software for automated phenotypic screens using light microscopy and FIB-SEM.

Serra Lleti JM, Steyer AM, Schieber NL, Neumann B, Tischer C, Hilsenstein V, Holtstrom M, Unrau D, Kirmse R, Lucocq JM, Pepperkok R, Schwab Y. (2023)

Structure of a RecT/Redβ family recombinase in complex with a duplex intermediate of DNA annealing.

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