EMPIAR-10399 - Single-Particle Cryo-EM of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria, Wild-type [multiple data sets in MRCS and MRC formats]

EMPIAR-10399

Single-Particle Cryo-EM of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria, Wild-type [multiple data sets in MRCS and MRC formats]

Publication:

Cryo-EM Structures and Regulation of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria

Tan YZ, Zhang L, Rodrigues J, Zheng RB, Giacometti SI, Rosário AL, Kloss B, Dandey VP, Wei H, Brunton R, Raczkowski AM, Athayde D, Catalão MJ, Pimentel M, Clarke OB, Lowary TL, Archer M, Niederweis M, Potter CS, Carragher B, Mancia F

Molecular cell (2020)

PMID: 32386575

DOI: 10.1016/j.molcel.2020.04.014

Related EMDB entry:

EMD-21580

Deposited:

2020-03-27

Released:

2020-05-26

Last modified:

2020-04-21

Imageset size:

2.70 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10399

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned and compressed multi-frame movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

7354

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.0605, 1.0605)

Details:

Data collection was performed using a dose of ~95.72 e-/Å2 across 90 frames (150 msec per frame) at a dose rate of ~8.2 e-/pix/sec, using a set defocus range of -1.0 μm to -2.0 μm. Raw frames were compressed using pbzip2. Gain reference image to use are in each of the four folders under references/*_3838x3710_norm_0_mod.mrc.

Files:

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2. Aligned and dose-weighted micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

7274

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.0605, 1.0605)

Details:

Movie frames were aligned using MotionCor2 with 5 by 5 patches and B-factor of 100 through the Appion software package.

Files:

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3. Final Particle Stacks with Refined Euler Angles and Shifts (Overall and Focused Refined on CBM3)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

Image size:

(288, 288)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.0605, 1.0605)

Details:

Final particle stacks, with Relion .star file containing the refined Euler angles and shifts. Final_AftD-WT.star has the refined Euler angles and shifts for the entire dataset, while FocussedClassified_CBM3_AftD-WT.star has the refined Euler angles and shifts for just the subset of particles after CBM3 focused classification.

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

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