EMPIAR-10215 - Rabbit muscle aldolase single particle cryoEM [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-10215

Rabbit muscle aldolase single particle cryoEM [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Bepler T, Morin A, Rapp M, Brasch J, Shapiro L, Noble AJ, Berger B

Nature methods 16 (2019) 1153-1160

PMID: 31591578

DOI: 10.1038/s41592-019-0575-8

Related EMDB entry:

EMD-20529 EMD-20532 EMD-20531

Deposited:

2018-10-03

Released:

2019-04-05

Last modified:

2020-02-24

Imageset size:

1.44 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10215

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame
micrographs - multiframe
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Micrographs along with all other magnification images from the collection

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1061

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.832, 0.832)

Details:

Frame aligned with MotionCor2.

Files:

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2. Micrograph frames

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1061

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.416, 0.416)

Details:

Super-res frames and references. Includes picks for Topaz and Topaz-published.

Files:

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3. CryoEM structures in the paper

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

All structures for EMPIAR-10025, EMPIAR-10028, NYSBC-aldo with Topaz, published, and Topaz-published picks as described in the manuscript titled: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Includes most Topaz particle picks and stacks for EMPIAR-10025, EMPIAR-10028, NYSBC-aldo with Topaz, published, and Topaz-published picks as described in the manuscript titled: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Files:

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

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