EMPIAR-10215 - Rabbit muscle aldolase single particle cryoEM [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-10215

Rabbit muscle aldolase single particle cryoEM [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Bepler T, Morin A, Rapp M, Brasch J, Shapiro L, Noble AJ, Berger B

Nature methods 16 (2019) 1153-1160

PMID: 31591578

DOI: 10.1038/s41592-019-0575-8

Related EMDB entry:

EMD-20532 EMD-20529 EMD-20531

Deposited:

2018-10-03

Released:

2019-04-05

Last modified:

2020-02-24

Imageset size:

1.44 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10215

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame
micrographs - multiframe
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Micrographs along with all other magnification images from the collection

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1061

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.832, 0.832)

Details:

Frame aligned with MotionCor2.

Files:

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2. Micrograph frames

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1061

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.416, 0.416)

Details:

Super-res frames and references. Includes picks for Topaz and Topaz-published.

Files:

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3. CryoEM structures in the paper

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

All structures for EMPIAR-10025, EMPIAR-10028, NYSBC-aldo with Topaz, published, and Topaz-published picks as described in the manuscript titled: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Includes most Topaz particle picks and stacks for EMPIAR-10025, EMPIAR-10028, NYSBC-aldo with Topaz, published, and Topaz-published picks as described in the manuscript titled: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Files:

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Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

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CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

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