EMPIAR-10032 - Cryo electron microscopy of YnaI [multiple data sets in MRC format]

このエントリはPDBjのストレージからは削除されました。 Please download it from EMPIAR-EBI.

EMPIAR-10032

Cryo electron microscopy of YnaI [multiple data sets in MRC format]

Publication:

The Structure of YnaI Implies Structural and Mechanistic Conservation in the MscS Family of Mechanosensitive Channels.

Bottcher B, Prazak V, Rasmussen A, Black SS, Rasmussen T

Structure 23 (2015) 1705-1714

PMID: 26256535

DOI: doi:10.1016/j.str.2015.06.023

Related EMDB entry:

EMD-3035

Deposited:

2015-08-28

Released:

2015-08-28

Last modified:

2015-08-28

Imageset size:

107.63 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10032

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

picked particles - multiframe - processed
micrographs - single frame

Image Sets

1. ynai_particles

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

34799

Image size:

(160, 160)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.729, 1.729)

Details:

Stack of phase flipped particle images + matching relion-star file

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. ynai_micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3308

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.729, 1.729)

Details:

Micrographs of YnaI (F20/TVIPS F416)
The approximate dose is 20 electrons/A2; micrographs have been acquired with EM-tools

The picked particle coordinates are found in: data/ynai/coordinates. These are the coordinates (EMAN-format) of the manually selected particle images.
The coordinates match the micrographs which have the same name but the extension tif.
The picked particle images are found in: data/particles_phaseflipped

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-07-01]

288件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-01付）