EMPIAR-10025 - T20S Proteasome at 2.8 Å Resolution [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-10025

T20S Proteasome at 2.8 Å Resolution [multiple data sets in MRC format]

Publication:

2.8 Angstrom resolution reconstruction of the Thermoplasma acidophilum 20S proteasome using cryo-electron microscopy.

Campbell MG, Veesler D, Cheng A, Potter CS, Carragher B

Elife 4 (2015) e06380-e06380

PMID: 25760083

DOI: doi:10.7554/eLife.06380

Related EMDB entry:

EMD-6287

Deposited:

2015-02-26

Released:

2015-03-06

Last modified:

2015-03-06

Imageset size:

1.97 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10025

Experimental metadata:

Download xml json

Version history:

2015-07-01

REL

Added Relion star file with coordinates: data/14sep05c_raw_196/run1_shiny_mp007_data_dotstar.txt

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Raw movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

196

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.66, 0.66)

Details:

Super-resolution data-acquisition. dark-amibox05-0.mrc and norm-amibox05-0.mrc are used for gain correction.
run1_shiny_mp007_data_dotstar.txt is a Relion star file with particle coordinates etc.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Frame-averaged micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

196

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.66, 0.66)

Details:

Super-resolution data-acquisition.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Aligned multi-frame micrographs

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

196

Image size:

(7420, 7676)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.66, 0.66)

Details:

Super-resolution data-acquisition.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）