EMPIAR-12793 - CryoEM dataset of Retron-Eco1 WT filaments in the presence of NAD+ [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-12793

CryoEM dataset of Retron-Eco1 WT filaments in the presence of NAD+ [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Retron-Eco1 assembles NAD+ hydrolyzing filaments that provide immunity against bacteriophages

Carabias A, Camara-Wilpert S, Mestre MR, Lopéz-Méndez B, Hendriks IA, Zhao R, Pape T, Fuglsang A, Luk SH, Nielsen ML, Pinilla-Redondo R, Montoya G

Molecular cell 84 (2024) 2185-2202000000000000.0

PMID: 38788717

DOI: 10.1016/j.molcel.2024.05.001

Related EMDB entry:

EMD-18315 EMD-19793 EMD-18313

Deposited:

2025-05-21

Released:

2025-07-01

Last modified:

2025-07-01

Imageset size:

4.71 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12793

Experimental metadata:

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Compressed size:  4,771,805,949 kilobytes

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned multiframe micrographs of Retron-Eco1 WT in presence of NAD+ (Dataset1-acdr0162)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2669

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.832, 0.832)

Details:

Movies were collected in a Titan Krios G2 equipped with a TFS Falcon III camera operated at 300 keV in counting mode at a magnification of x 96000 (0.832 A˚ /px) using a total dose of 39 e/A˚ 2. Spherical Aberration: 2.7 mm. Micrographs are gain-corrected, non-motion-corrected.

Microscope Settings:
-Acceleration Voltage: 300 kV
-Pixel Size: 0.832 Å
-Spherical Aberration: 2.7 mm
-Total Exposure Dose: 39 e/Å²
-Number of Fractions: 40

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned multiframe micrographs of Retron-Eco1 WT in presence of NAD+ (Dataset2-acdr0168)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

5197

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.832, 0.832)

Details:

Files:

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

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