EMPIAR-12454 - Cryo-ET dataset of FIB-milled HIV-1 infected human monocyte-derived macrophages [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-12454

Cryo-ET dataset of FIB-milled HIV-1 infected human monocyte-derived macrophages [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Passage of the HIV capsid cracks the nuclear pore

Kreysing JP, Heidari M, Zila V, Cruz-Leon S, Obarska-Kosinska A, Laketa V, Rohleder L, Welsch S, Köfinger J, Turoňová B, Hummer G, Kräuslich HG, Beck M

Cell 188 (2025) 930-943.e21

PMID: 39826544

DOI: 10.1016/j.cell.2024.12.008

Related EMDB entry:

EMD-51532 EMD-51630 EMD-51626 EMD-51627 EMD-51628 EMD-51629 EMD-51533 EMD-51531 EMD-51535 EMD-51632

Deposited:

2024-09-25

Released:

2025-04-03

Last modified:

2025-04-03

Imageset size:

560.61 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12454

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Raw tilt-series of human macrophage cells infected with HIV-1

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.414, 2.414)

Details:

Each tilt series stack is ordered from lowest to highest tilt angle and contains already aligned tilt images (10 frames each aligned with alignframes on the fly in SerialEM). The mdoc metadata files are also provided.

Files:

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2. Tilt cleaned, dose-filtered tilt-series of human macrophage cells infected with HIV-1

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.414, 2.414)

Details:

Tilt cleaned (see TS_cleaning_MDM-inf.csv file) and dose-filtered tilt series. These stacks were used for tomogram reconstruction in IMOD and novaCTF. The relevant alignment files (.xf and .tlt) are provided in the alignment_files folder

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3. Reconstructed tomograms of human macrophage cells infected with HIV-1 (4x binning and filtered with sirt-like filter)

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1024, 1024)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(9.656, 9.656)

Details:

Tomograms were reconstructed in IMOD with 4x binning and a sirt-like filter for better visualization. All tomograms have a z-height of 450 px (at 4x binning).

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[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）