EMPIAR-12195 - Training Set for CryoVesNet - Cryo-electron tomograms of rat synaptosomes and synaptic vesicle segmentation [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-12195

Training Set for CryoVesNet - Cryo-electron tomograms of rat synaptosomes and synaptic vesicle segmentation [multiple data sets in MRC format]

Publication:

CryoVesNet: A Dedicated Framework for Synaptic Vesicle Segmentation in Cryo Electron Tomograms

Khosrozadeh A, Seeger R, Witz G, Radecke J, Sørensen JB, Zuber B

bioRxiv (2024)

Related EMDB entry:

EMD-18728

Deposited:

2024-07-22

Released:

2024-11-19

Last modified:

2024-11-19

Imageset size:

9.53 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12195

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Tilt series of rat synaptosomes

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(2048, 2048)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. tomograms of rat synaptosomes

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

One tomogram has another voxel type (spray_ctrl_6) : bytes - signed in file

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. tomograms that have been binned, trimmed, and denoised with non linear anisotropic diffusion

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

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