EMPIAR-12163 - SBF SEM images of a notoroid in longitudinal orientation containing TNE-ZsGreen+ notochord cells (Fig S26 part 2) [multiple data sets in DM4 and TIFF formats]

EMPIAR-12163

SBF SEM images of a notoroid in longitudinal orientation containing TNE-ZsGreen+ notochord cells (Fig S26 part 2) [multiple data sets in DM4 and TIFF formats]

Publication:

Notochord and axial progenitor generation by timely BMP and NODAL inhibition during vertebrate trunk formation

Tiago Rito TR, Ashley R.G. Libby ARGL, Madeleine Demuth MD, Marie-Charlotte Domart MCD, Jake Cornwall-Scoones JCS, James Briscoe JB

(---)

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Deposited:

2024-03-01

Released:

2024-09-26

Last modified:

2024-09-26

Imageset size:

232.46 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12163

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame

Image Sets

1. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI02) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run12)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

115

Image size:

(6000, 3994)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(600.0, 600.0)

Details:

Low magnification overview SBF SEM images (ROI02), linked to higher magnification images in ROI03-5 below. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

Files:

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2. High magnification raw SBF SEM overview images (ROI03) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run12)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

115

Image size:

(10000, 8016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(90.0, 90.0)

Details:

High magnification images (ROI03) linked to lower magnification images in ROI02. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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3. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI04) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run12)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

115

Image size:

(10000, 8016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(90.0, 90.0)

Details:

High magnification images (ROI04) linked to lower magnification images in ROI02. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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4. High magnification raw SBF SEM overview images (ROI05) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run12)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

115

Image size:

(10000, 8016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(90.0, 90.0)

Details:

High magnification images (ROI05) linked to lower magnification images in ROI02 Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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5. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI00) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run13)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

197

Image size:

(6000, 3994)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(600.0, 600.0)

Details:

Low magnification overview SBF SEM images (ROI00), linked to higher magnification images in ROI02 and ROI03 below. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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6. High magnification raw SBF SEM overview images (ROI02) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run13)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

197

Image size:

(10000, 8016)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(90.0, 90.0)

Details:

High magnification images (ROI02) linked to lower magnification images in ROI00 Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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7. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI03) of notoroid with TNE-Zs green notochord in longitudinal orientation (Run13)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

197

Image size:

(10000, 5000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(90.0, 90.0)

Details:

High magnification images (ROI03) linked to lower magnification images in ROI00 Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with a 20um aperture and with FCC. 50nm slices.

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8. Survey images

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Survey images showing the relative position of the ROIs for each Run (Run 12 and 13).

Files:

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

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Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

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Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

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