EMPIAR-12161 - SBF SEM images of a notoroid in transverse orientation (Fig S24) [multiple data sets in DM4 and TIFF formats]

EMPIAR-12161

SBF SEM images of a notoroid in transverse orientation (Fig S24) [multiple data sets in DM4 and TIFF formats]

Publication:

Notochord and axial progenitor generation by timely BMP and NODAL inhibition during vertebrate trunk formation

Tiago Rito TR, Ashley R.G. Libby ARGL, Madeleine Demuth MD, Marie-Charlotte Domart MCD, Jake Cornwall-Scoones JCS, James Briscoe JB

(---)

Related EMDB entry:

Deposited:

2024-02-14

Released:

2024-09-26

Last modified:

2024-09-26

Imageset size:

11.54 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12161

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame

Image Sets

1. Low magnification raw SBF SEM overview images (ROI00) of notoroid in transverse orientation

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

Image size:

(7000, 7000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(610.0, 610.0)

Details:

Low magnification overview SBF SEM images (ROI00), linked to higher magnification images in ROI01 and ROI02 below. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with FCC with a 30um aperture. 50nm slices.

Files:

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2. High magnification raw SBF SEM images (ROI01) of notochord in notoroid in transverse orientation

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

Image size:

(7000, 7000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(88.0, 88.0)

Details:

High magnification images (ROI01) linked to lower magnification images in ROI00. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with FCC with a 30um aperture. 50nm slices.

Files:

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3. High magnification raw SBF SEM images (ROI02) of notochord in notoroid in transverse orientation

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

Image size:

(7000, 7000)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(83.0, 83.0)

Details:

High magnification images (ROI02) linked to lower magnification images in ROI00. Imaged at 1.8kV, 2us dwell, with FCC with a 30um aperture. 50nm slices.

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4. Survey image showing the relative position of each of the ROIs above

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Survey image used to setup the multi ROI run in Digital Micrograph. Shows the position of each ROI.

Files:

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Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

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Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

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Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

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