EMPIAR-11899 - Cryo-ET dataset on lamellae of Dictyostelium discoideum cells [213 tilt-series in MRC format] [213 tilt series in MRC format]

EMPIAR-11899

Cryo-ET dataset on lamellae of Dictyostelium discoideum cells [213 tilt-series in MRC format] [213 tilt series in MRC format]

Publication:

Thinner is not always better: Optimizing cryo-lamellae for subtomogram averaging

Tuijtel MW, Cruz-León S, Kreysing JP, Welsch S, Hummer G, Beck M, Turoňová B

Science advances 10 (2024)

PMID: 38669330

DOI: 10.1126/sciadv.adk6285

Related EMDB entry:

EMD-19136

Deposited:

2024-02-12

Released:

2024-05-16

Last modified:

2024-05-16

Imageset size:

382.62 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11899

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

tilt series

Image Sets

1. Aligned tilt-series of Dictyostelium discoideum cells

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

213

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.223, 1.223)

Details:

Tilt-series were aimed to collect 61 tilts, for some fewer tilts were acquired. Tilt-series are sorted according to ascending tilt angle apart from +60 to -60 from lamella pre-tilt (8deg). mdoc files with metadata provided by SerialEM are also provided.
Tilts that were discarded during processing are specified in "tilt_cleaning.txt".
Alignment results from IMOD are provided as _dose-filt.xf files.
Coordinates to raw ribosome particle picks by template matching are provided in TM_SG_bin6_subtomos_3.1star, with coordinates with bin-factor of 6 corresponding to a pixel size of 7.3 Angstrom. Ribosome particle locations after 3D-classification are provided in Classification_relion_bin6_subtomos_3.1.star, with coordinates with bin-factor of 6 corresponding to a pixel size of 7.3 Angstrom.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

294件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-10-30付）

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-17]

[wwPDB] 2024年のノーベル化学賞