EMPIAR-11897 - Unveiling the ultrastructural landscape of extracellular matrix via lift-out cryo-FIBSEM and cryo-ET [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-11897

Unveiling the ultrastructural landscape of extracellular matrix via lift-out cryo-FIBSEM and cryo-ET [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Lift-out cryo-FIBSEM and cryo-ET reveal the ultrastructural landscape of extracellular matrix

Zens B, Fäßler F, Hansen JM, Hauschild R, Datler J, Hodirnau VV, Zheden V, Alanko J, Sixt M, Schur FKM

The Journal of cell biology 223 (2024)

PMID: 38506714

DOI: 10.1083/jcb.202309125

Related EMDB entry:

EMD-18490 EMD-18493 EMD-18491 EMD-18494 EMD-18492

Deposited:

2024-01-25

Released:

2024-03-19

Last modified:

2024-03-19

Imageset size:

183.01 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11897

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Frames

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.137, 2.137)

Details:

42 tilt series consisting of maximally 61 tilts each; each image consists of 8 frames. GainRef and defects file are included.

Files:

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2. Raw tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.137, 2.137)

Details:

42 tilt series; .mdoc files are included. Bad tilts were excluded from the tilt series (as described in the manuscript).

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3. Isonet corrected tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(510, 720)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(17.1, 17.1)

Details:

Isonet-corrected tomograms, reconstructed from cleaned tilt series (as described in the manuscript).

Files:

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Citations

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Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

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Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

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