EMPIAR-11823 - Cryo-EM of the human CAK: Data for 1.73 Å-resolution reconstruction [multiple data sets in EER format]

EMPIAR-11823

Cryo-EM of the human CAK: Data for 1.73 Å-resolution reconstruction [multiple data sets in EER format]

Publication:

High-resolution cryo-EM of the human CDK-activating kinase for structure-based drug design

Cushing VI, Koh AF, Feng J, Jurgaityte K, Bondke A, Kroll SHB, Barbazanges M, Scheiper B, Bahl AK, Barrett AGM, Ali S, Kotecha A, Greber BJ

Nature communications 15 (2024)

PMID: 38480681

DOI: 10.1038/s41467-024-46375-9

Related EMDB entry:

EMD-17522

Deposited:

2023-12-05

Released:

2024-05-20

Last modified:

2024-05-20

Imageset size:

12.13 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11823

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. EER movies, CAK-ICEC0943, grid VC1-1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5729

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

EER movies. The gain reference can be found in the top directory (data/Krios3_220312_VC1-1/).

Files:

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2. EER movies, CAK-ICEC0768, grid VC2-4

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5583

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

EER movies. The gain reference can be found in the top directory (data/Krios3_220312_VC2-4/).

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3. EER movies, CAK-dinaciclib, grid VC4-3

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5210

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

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4. EER movies, CAK-BS181, grid VC8-1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5203

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

EER movies. The gain reference can be found in the top directory (data/Krios3_220311_VC8-1/).

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5. EER movies, CAK-ICEC0942, grid VC13-1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5231

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

EER movies. The gain reference can be found in the top directory (data/Krios3_220129_VC13-3/). This dataset was only used for the high-resolution (1.73 Å) reconstruction, not for interpretation of inhibitor interactions described in the manuscript.

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6. EER movies, CAK-ICEC0942, grid VC14-1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

5367

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.57, 0.57)

Details:

EER movies. The gain reference can be found in the top directory (data/Krios3_220409_ICR_VC14-1/). This dataset was used both for the high-resolution (1.73 Å) reconstruction and for interpretation of inhibitor interactions described in the manuscript.

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

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