EMPIAR-11762 - Cryo-EM structure of human TFIIIC bound and unbound to tRNA gene [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

EMPIAR-11762

Cryo-EM structure of human TFIIIC bound and unbound to tRNA gene [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

Publication:

Structural insights into human TFIIIC promoter recognition

Seifert-Davila W, Girbig M, Hauptmann L, Hoffmann T, Eustermann S, Müller CW

Science advances 9 (2023)

PMID: 37418517

DOI: 10.1126/sciadv.adh2019

Related EMDB entry:

EMD-16713 EMD-16717 EMD-16715 EMD-17447 EMD-16716 EMD-17446 EMD-16714

Deposited:

2023-11-02

Released:

2024-02-28

Last modified:

2024-02-28

Imageset size:

4.14 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11762

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of human TFIIIC bound to tRNA gene

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

11025

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

Unaligned multi-frame (40 frames) micrographs were collected in counting mode with a total electron dose of 42.8 electrons/Å2 at defocus range from 0.7 to 1.7 . Gain reference is in CountRef_211108_hTFIIIC_DNA_00001.mrc file.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Final particles of TauA subcomplex

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

55079

Image size:

(352, 352)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

The directory "data/Dataset_1/TauA_final_particles" contains the ".mrcs" files of the final 3D reconstruction of TauA. These particles were also used for the "Cryo-EM mapping of particle pair distances at a single-molecule level" with TauB-dimer particles. The file "particles.star" contains the coordinates.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Final particles of TauB-dimer subcomplex

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

35379

Image size:

(480, 480)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

The directory "data/Dataset_1/TauB_dimer_final_particles" contains the ".mrcs" files of the final 3D reconstruction of TauB-dimer. The file "particles.star" contains the coordinates.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Intermediate particles of TauB-dimer subcomplex for mapping pair distance

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

99217

Image size:

(480, 480)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

The directory "data/Dataset_1/TauB_dimer_pair_distances" contains the ".mrcs" files of Non-Uniform refinement reconstruction of TauB-dimer. These particles were used for the "Cryo-EM mapping of particle pair distances at a single-molecule level" with TauA particles. The file "particles.star" contains the coordinates.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Unaligned multi-frame micrographs of human TFIIIC (No DNA sample)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

11088

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

Unaligned multi-frame (40 frames) micrographs were collected in counting mode with a total electron dose of 39.6 electrons/Å2 at defocus range from 0.7 to 1.7 . Gain reference is in CountRef_hTFIIIC_OG_113-1_00001.mrc file.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

6. Final particles of TauA subcomplex (No DNA sample)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

94103

Image size:

(300, 300)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

The directory "data/Dataset_2/TauA_noDNA_final_particles" contains the ".mrcs" files of the final 3D reconstruction of TauA. The file "particles.star" contains the coordinates.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

7. Final particles of TauB-dimer subcomplex (No DNA sample)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

125600

Image size:

(480, 480)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.822, 0.822)

Details:

The directory "data/Dataset_2/TauB_dimer_noDNA_final_particles" contains the ".mrcs" files of the final 3D reconstruction of TauA. The file "particles.star" contains the coordinates.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

'authorString'

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2025-09-24]

278件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2025-09-24付）

[2025-08-24]

第63回日本生物物理学会年会にてランチョンセミナーを開催します

[2025-08-10]

IIBMP2025にてランチョンセミナーを開催します

[2025-07-17]

[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットと拡張PDB IDへの移行について

[2025-06-25]

[wwPDB] EMDBアクセションコードを拡張する予定です

[2025-06-05]

第25回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します

[2025-04-22]

[wwPDB] PDBアーカイブのスナップショットは、HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロード頂けます

[2025-03-25]

PDBj Newsletter Vol.25公開のお知らせ

[2025-03-11]

[wwPDB] 生物物理学会年会にてポスター賞を授与しました

[2025-03-10]

[wwPDB] 新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました。

See all news