EMPIAR-11558 - The potassium-selective channelrhodopsin HcKCR1 and HcKCR2 in lipid nanodisc [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-11558

The potassium-selective channelrhodopsin HcKCR1 and HcKCR2 in lipid nanodisc [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

Structural basis for ion selectivity in potassium-selective channelrhodopsins

Tajima S, Kim YS, Fukuda M, Jo Y, Wang PY, Paggi JM, Inoue M, Byrne EFX, Kishi KE, Nakamura S, Ramakrishnan C, Takaramoto S, Nagata T, Konno M, Sugiura M, Katayama K, Matsui TE, Yamashita K, Kim S, Ikeda H, Kim J, Kandori H, Dror RO, Inoue K, Deisseroth K, Kato HE

Cell (2023)

PMID: 37652010

DOI: 10.1016/j.cell.2023.08.009

Related EMDB entry:

EMD-34531 EMD-35713 EMD-34530

Deposited:

2023-09-25

Released:

2023-09-25

Last modified:

2023-09-25

Imageset size:

4.08 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11558

Experimental metadata:

Download xml json

Deposited via PDBj

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. HcKCR1 WT in lipid nanodisc

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5445

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

Please use CountRef_tajima4_2_ND16_116-1_0000_Nov26_12.53.53.mrc as a gain reference without rotation or flipping.

Please ignore the pixel size in the header (0.85 Å/px); use 0.83 Å/px.
300 kV
Cs 2.7 mm
0.996 e/A2/frame

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. HcKCR1 H225F in lipid nanodisc

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

6654

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

Please use gain_reference/movie_gain.mrc as a gain reference without rotation or flipping.

Please ignore the pixel size in the header (1.00 Å/px); use 0.83 Å/px.
300 kV
Cs 2.7 mm
0.991 e/A2/frame

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. HcKCR2 WT in lipid nanodisc

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7718

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.83, 0.83)

Details:

Please use gain_reference/movie_gain.mrc as a gain reference without rotation or flipping.

Please ignore the pixel size in the header (1.00 Å/px); use 0.83 Å/px.
300 kV
Cs 2.7 mm
1.06 e/A2/frame

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-06]

404件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-11-06付）

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します