EMPIAR-10922 - Cryo-electron tomographs of mouse thalamus neurons [60 reconstructed volumes in MRC format]

EMPIAR-10922

Cryo-electron tomographs of mouse thalamus neurons [60 reconstructed volumes in MRC format]

Publication:

In situ cryo-electron tomography reveals local cellular machineries for axon branch development

Nedozralova H, Basnet N, Ibiricu I, Bodakuntla S, Biertümpfel C, Mizuno N

The Journal of cell biology 221 (2022)

PMID: 35262630

DOI: 10.1083/jcb.202106086

Related EMDB entry:

EMD-25485 EMD-25486

Deposited:

2022-01-10

Released:

2022-03-04

Last modified:

2022-10-10

Imageset size:

71.14 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10922

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

reconstructed volumes

Image Sets

1. Reconstructed 4x binned tomograms of thalamus neurons.

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(928, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(21.8, 21.8)

Details:

Tilt-series were filtered according to the cumulative radiation dose (Grant and Grigorieff, 2015) and aligned on the basis of the patch tracking algorithm using the IMOD ETOMO package (Kremer et al., 1996). Tomograms were reconstructed from aligned stacks using weighted back-projection in IMOD. Tomograms were further 4x binned, resulting in pixel sizes of 21.8 Å. Tomograms were denoised by edge enhancing diffusion (bnad command in Bsoft (Heymann et al., 2008)).

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-06]

404件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-11-06付）

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します