EMPIAR-10490 - Integrative imaging reveals SARS-CoV-2 induced reshaping of subcellular morphology [multiple data sets in MRC, BIG DATA VIEWER HDF5 and TIFF formats]

EMPIAR-10490

Integrative imaging reveals SARS-CoV-2 induced reshaping of subcellular morphology [multiple data sets in MRC, BIG DATA VIEWER HDF5 and TIFF formats]

Publication:

Integrative Imaging Reveals SARS-CoV-2-Induced Reshaping of Subcellular Morphologies

Cortese M, Lee JY, Cerikan B, Neufeldt CJ, Oorschot VMJ, Köhrer S, Hennies J, Schieber NL, Ronchi P, Mizzon G, Romero-Brey I, Santarella-Mellwig R, Schorb M, Boermel M, Mocaer K, Beckwith MS, Templin RM, Gross V, Pape C, Tischer C, Frankish J, Horvat NK, Laketa V, Stanifer M, Boulant S, Ruggieri A, Chatel-Chaix L, Schwab Y, Bartenschlager R

Cell host & microbe (2020)

PMID: 33245857

DOI: 10.1016/j.chom.2020.11.003

Related EMDB entry:

EMD-12940

Deposited:

2020-06-24

Released:

2020-12-11

Last modified:

2021-10-25

Imageset size:

1.15 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10490

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
reconstructed volumes
micrographs - single frame

Image Sets

1. MOI0.5-24h-Dual axis tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

202

Image size:

(2024, 2024)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 0.5, 24h post infection;
Dual axis tilt series, both axes as individual *.st MRC files

Files:

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2. MOI5-12h-Dual axis tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

178

Image size:

(2024, 2024)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 12h post infection;
Dual axis tilt series, both axes as individual *.st MRC files

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3. MOI5-24h-Dual axis tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

152

Image size:

(2024, 2024)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 24h post infection;
Dual axis tilt series, both axes as individual *.st MRC files

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4. MOI5-6h-Dual axis tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(2024, 2024)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 6h post infection;
Dual axis tilt series, both axes as individual *.st MRC files

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5. MOI0.5-24h-Reconstructed tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

BIG DATA VIEWER HDF5

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 0.5, 24h post infection;
Reconstructed volume from dual axis tilt series, BDV HDF5 format, positioned according to physical location on specimen. Corresponding map files for targeting in adjacent "maps" directory.

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6. MOI5-12h-Reconstructed tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

BIG DATA VIEWER HDF5

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 12h post infection;
Reconstructed volume from dual axis tilt series, BDV HDF5 format, positioned according to physical location on specimen. Corresponding map files for targeting in adjacent "maps" directory.

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7. MOI5-24h-Reconstructed tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

BIG DATA VIEWER HDF5

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 24h post infection;
Reconstructed volume from dual axis tilt series, BDV HDF5 format, positioned according to physical location on specimen. Corresponding map files for targeting in adjacent "maps" directory.

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8. MOI5-6h-Reconstructed tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

BIG DATA VIEWER HDF5

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: MOI = 5, 6h post infection;
Reconstructed volume from dual axis tilt series, BDV HDF5 format, positioned according to physical location on specimen. Corresponding map files for targeting in adjacent "maps" directory.

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9. S4 Area 2 FIB-SEM Volume 8nm isotropic

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

4824

Image size:

(3864, 3144)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(80.0, 80.0)

Details:

S4 Area 2 FIB-SEM Volume 8nm isotropic voxel size, aligned

Files:

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10. S4 Area 3 FIB-SEM Volume 8nm isotropic

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

4413

Image size:

(5632, 3648)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(80.0, 80.0)

Details:

S4 Area 3 FIB-SEM Volume 8nm isotropic voxel size, aligned

Files:

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11. S4 Cell 1 FIB-SEM Volume 5nm isotropic

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

11199

Image size:

(7512, 3864)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(50.0, 50.0)

Details:

S4 Cell 1 FIB-SEM Volume 5nm isotropic voxel size, aligned

Files:

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12. S5 Mock Cell 1 FIB-SEM Volume 8nm isotropic

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

2574

Image size:

(6624, 4236)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(80.0, 80.0)

Details:

S5 Mock/Control Cell 1 FIB-SEM Volume 8nm isotropic voxel size, aligned

Files:

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13. Mock cells - Dual axis tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(2024, 2024)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: Mock;
Dual axis tilt series, both axes as individual *.st MRC files

Files:

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14. Mock cells-Reconstructed tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

BIG DATA VIEWER HDF5

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(15.578, 15.578)

Details:

Condition: Mock;
Reconstructed volume from dual axis tilt series, BDV HDF5 format, positioned according to physical location on specimen. Corresponding map files for targeting in adjacent "maps" directory.

Files:

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Citations

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Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

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