EMPIAR-10407 - Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [multiple data sets in MRC and MRCS formats]

EMPIAR-10407

Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [multiple data sets in MRC and MRCS formats]

Publication:

Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics

Nicholson D, Edwards TA, O'Neill AJ, Ranson NA

Structure (London, England : 1993) 28 (2020) 1087-1100.e3

PMID: 32857965

DOI: 10.1016/j.str.2020.08.004

Related EMDB entry:

EMD-10914 EMD-10898 EMD-10915

Deposited:

2020-05-07

Released:

2020-11-24

Last modified:

2021-04-23

Imageset size:

538.54 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10407

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame
picked particles - multiframe - processed

Image Sets

1. Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

6228

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.065, 1.065)

Details:

Drift-corrected and dose-corrected averages of movies collected at an accumulated dose of 62 e-/A^2 across 43 frames over a 1.1 s exposure, recorded by a ThermoFisher Falcon 3EC detector. Motion correction was performed using MotionCor2 within RELION 3.0, across frames 3-43, applying a B-factor of 150, and using 5 patches in both the X and Y directions. Coordinates corresponding to extracted particle images are in the particles.star file.

Files:

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2. Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

6197

Image size:

(416, 416)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.065, 1.065)

Details:

Particles were extracted from motion-corrected, CTF-estimated micrographs into 416 square pixel boxes with re-centring of refined coordinates. Images of particles extracted from each micrograph are stacked into separate mrcs files. Coordinates and further metadata corresponding to extracted particle images are in the particle.star file.

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