EMPIAR-10237 - CryoET of mouse protocadherin gamma B6 on membranes (without energy filter) [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-10237

CryoET of mouse protocadherin gamma B6 on membranes (without energy filter) [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Visualization of clustered protocadherin neuronal self-recognition complexes

Brasch J, Goodman KM, Noble AJ, Rapp M, Mannepalli S, Bahna F, Dandey VP, Bepler T, Berger B, Maniatis T, Potter CS, Carragher B, Shapiro L

Nature 569 (2019) 280-283

PMID: 30971825

DOI: 10.1038/s41586-019-1089-3

Related EMDB entry:

EMD-9198

Deposited:

2018-10-04

Released:

2019-04-18

Last modified:

2022-02-25

Imageset size:

363.41 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10237

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
tilt series

Image Sets

1. K2 tilt-series frames

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.76, 1.76)

Details:

~8 e-/px/s dose rate on the camera
Gain and dark references included

Files:

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2. Whole-frame aligned tilt images along with all other magnification images from the collection

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.76, 1.76)

Details:

Whole-frame aligned tilt images using Motioncor2.

Files:

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3. Appion-Protomo tilt-series alignments

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.76, 1.76)

Details:

Includes a full tilt-series alignment run for two of the tilt-series.
To view properly, navigate to the protomo_alignments folder in Appion-Protomo.
The export/ directory contains SerialEM-formatted unaligned tilt-series stacks, mdoc files, and tilt files. This allows for easy upload to Appion-Protomo.

Files:

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Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

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