EMPIARへのデータ登録方法

EMPIARに電顕画像データを登録するには以下の2つの方法があります。
  • [1] データの入ったメディアを郵送・宅配便で大阪大学に送付する方法
  • [2] イギリスのEBIの登録サイトへ直接データを転送する方法

[1] データの入ったメディアを郵送・宅配便で大阪大学に送付する方法

  1. メタデータ記入用のjsonファイルをダウンロードして、著者名、文献名などを入力してください。 入力には、スキーマファイルを参考にしてください。 わからないところは空欄でも結構です。 既にマップと論文が公開済の場合は、マップの EMDB ID と論文の Pubmed ID をメールに書いていただければ JSON は不要です。 Gain reference が必要な場合は、その回転・反転の有無もメールに併記してください。
  2. 入力したjsonファイルを、empiar-help@pdbj.org.jp宛にメールで送付してください。 また、そのメールで、どのようなメディア(HDD, SSD、テープなど)で送るつもりかお知らせください。
  3. データの入ったメディア(HDD,SSD,テープなど)を郵送・宅配便で以下の住所にお送りください。
    
    	〒565-0871 大阪府 吹田市 山田丘3-2 解析棟3F-Room3
    	大阪大学 蛋白質研究所 プロテインデータバンク研究室
    	EMPIARサポート担当 
    	Tel:06-6879-4311
    	
  4. 登録用の空のHDDを阪大から登録者の方に送付するサービスも行っています。データをコピーしていたただいたあと着払いの宅急便で阪大に送り戻していただきます。登録用HDDの送付サービスを希望される方はメールでご連絡ください。
  5. メディアが大阪大に到着したあと、こちらでデータのチェックを行い、メールで折り返し連絡いたします。
  6. お預かりしたデータを、阪大のスタッフがイギリスのEBIに転送します。

[2] イギリスのEBIの登録サイトへ直接データを転送する方法

EBIのデータ登録サイトにアクセスし、データを登録します。1TBを日本からイギリスまで送るには、Asperaを用いて約16時間かかります。

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)
Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)
Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)
Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)
Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)
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