EMPIARについて

[ENGLISH]

EMPIAR (Electron Microscopy Public Image Archive)は、2Dの電子顕微鏡画像の生データを集めた公共データベースです。 3D構造を再構築するために用いた、大量の生の2D 画像を、ブラウズしたり、ダウンロードして再計算してみることができます。

EMPIARの目的は、最先端の技術による生データに容易にアクセスできるようにすることで、手法開発や検証作業を促進し、 よりよい3D構造が得られるように導くことです。 3D画像が収納されたElectrion Microscopy Data Bank (EMDB)を, EMPIARは補完する役割を持ちます。 EMPIARは、電子顕微鏡の研究者のコミュニティからの意見に基づいています。 特に、 the Protein Data Bank in Europe (PDBe) と the Open Microscopy Environment (OME)によって企画された二つのワークショップ、 "Data Management Challenges in Three-dimensional EM" (Patwardhan et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 19, 1203-1207 (2012)) と "A 3D Cellular Context for the Macromolecular World" (Patwardhan et al., Nat. Struct. Mol. Biol. 21, 841-845 (2014))でEMPIARについての意見交換が行われました。

EMPIARのアクセッションコード

EMPIARエントリのアクセッションコードはEMPIAR-#####というフォーマットになっています。例えば、EMPIAR-10009のようになります。 このフォーマットのアクセッションコードをEMPIARのエントリの引用にお使いください。 一貫した書き方で引用し続けていただくと、各エントリがウェブや全文記事から見つかりやすくなるはずです。

EMPIARの現在のファイルサイズ

EMPIARの DOI

各EMPIARのエントリはDOIを持っています。 DOIのフォーマットは以下の通りです:
http://dx.doi.org/10.6019/EMPIAR-#####,
例えば以下のように書きます。
http://dx.doi.org/10.6019/EMPIAR-10016.

EMPIARを引用するには

次の論文を引用してください: A. Iudin, P.K. Korir, J. Salavert-Torres, G.J. Kleywegt & A. Patwardhan. "EMPIAR: A public archive for raw electron microscopy image data." Nature Methods 13 (2016). http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3806.
また、the EMBL-EBI press releases of 21 March 2016 このページこのページも参考にしてください。 EMPIARの各エントリを引用するには、 EMPIARアクセッションコードを使うか(上記のアクセッションコードの項を参照。DOIを用いて直接エントリへリンクすることも可能)、原論文を引用してください。

ファンディング

EMPIARの作業/業務は、 MRCBBSRCによるPDBeへのプロジェクトグラントによって資金提供されています。 Wellcome TrustEMBL-EBIからのPDBeへの資金提供 からも援助されています。
MRC BBSRC
日本でのEMPIARのミラーサイトEMPIAR-PDBjは、 AMEDの 創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム(BINDS)によって支援されています。